Site gratuit créé sur
Portfolio
Publications
Jeune diplômée d'une thèse de recherche en biologie et forte de 3 années d'expérience lors de ce doctorat, je suis aujourd'hui à la recherche d'un emploi hors académie.
Je recherche un poste de chef de projet, data scientist ou ingénieur R&D dans le domaine de la biologie au sens large, medtech, biotech, ou dans un secteur dans lequel je pourrais m'épanouir et acquérir de nouvelles connaissances au quotidien. Adaptable et appliquée, mon expérience en recherche scientifique m’a appris à toujours me former aux nouvelles méthodes et techniques qui peuvent être innovantes et sources de nouvelles perspectives. Cette aptitude me permettra de m'adapter quel que soit le nouveau domaine d'expertise demandé.
Ma formation universitaire large m’a formé à l’ouverture d’esprit, la veille scientifique, l’autonomie mais surtout la volonté et capacité d’apprentissage, d’analyse ainsi qu’au sens critique. Ce sont les bases de mon travail de recherche.
Mon travail, basé sur l’utilisation d’images en 3 dimensions, requiert rigueur et méthode répétable afin de garantir l’intégrité des travaux qui en dépendent. Les techniques d’extraction d’objets 3D demandent également organisation et gestion du temps de travail.
La maîtrise de l’anglais (écrit et oral) est essentielle à mon travail de thèse puisqu’il nécessite la collaboration de plusieurs chercheurs et laboratoires, surtout à l’international (Belgique flamande, Venezuela, Royaume-Uni ; cf liste d’auteurs de mes publications). De même, les résultats synthétiques de mes différentes études ont été exposés via mes participations à des congrès internationaux (cf CV). L’entièreté de mes travaux est/sera valorisée au travers de publications écrites en anglais et évaluées par les pairs [1-2].
Dans le cadre d’un module de mon école doctorale et avec l’encadrement du Bureau des Etudiants du Muséum (BDEM), j’ai participé à l’organisation d’un congrès international réservé aux jeunes chercheurs en tant que membre du comité de sélection et du jury (Young National History scientists Meeting 2017). Cette expérience m’a permis de développer d’avantage mon ouverture d’esprit, mon sens critique et ma capacité à travailler en équipe sur un projet différent du mien.
Congrès en Belgique - Décembre 2016
Congrès à Montpellier - Aoüt 2018
Congrès en République Tchèque - Juillet 2019
Mes compétences en traitement de données 3D sont transférables à d’autres domaines que les amphibiens et les oiseaux, de même que mes compétences en anatomie et en statistiques. Ces compétences sont valorisables dans le secteur privé avec le codage sous R notamment.
Mon travail de thèse m’a demandé de développer des compétences en élaboration et gestion de projet, planification des différentes phases d’acquisition et d’analyse des données, ainsi que leur mise en œuvre. A cet aspect s’ajoute la complète autonomie et la mobilisation des différents acteurs à chaque étape. Après chaque étape, ma capacité d’adaptation et ma persévérance m’ont permis de rebondir vers la suivante et de l’adapter pour garder un fil conducteur cohérent.
J’ai eu l’occasion, après mon master et pendant ma thèse de participer à l’encadrement de plusieurs stagiaires (niveau licence 1 à master 1) et de les former aux techniques de traitement d’images 3D et à la reconstruction des modèles d'os. Trois d’entre eux sont maintenant en thèse (Léa Demay à La Rochelle, Nina Gazal à Toulouse et Florian Bouchet à Barcelone). Ce dernier travaille sur la morphologie de l’endocrâne 3D chez les cercopithèques fossiles en Espagne.
L’apparition des techniques 3 dimensions ont permis de donner un nouveau souffle à l’étude de l’anatomie. C’est dans ce cadre de recherche que j’ai été formée à la réalisation ainsi qu’à l’utilisation de données issues de scanners en 3D.
Je suis formée à la réalisation de scanners surfaciques, c’est-à-dire des scanners à lumière frangée, à laser ou en photogrammétrie, qui ne capturent que la surface de l’objet.
Je suis également formée à la réalisation de scanners micro tomographiques à rayons X ou scanners médicaux où il est possible de visualiser l’intérieur de matériaux denses comme les os ou dents en utilisant des empilements d’images radiographiques.
Ce type de données permet ensuite l’extraction d’informations précises sur une partie du corps ou d’un os en particulier ou sur la totalité du spécimen rapidement. Ces types de scans permettent de travailler sur les matériaux denses tels que les os ou les dents mais pas forcément sur les tissus mous.
Grâce aux données de scans micro tomographiques, j’ai eu l’occasion de réaliser une monographie sur le squelette entier d’une espèce peu connue d’oiseau amazonien, l’hoazin (Opisthocomus hoazin) et d’en reconstruire le squelette en position biologiquement naturelle (en cours de publication).
La technique des scans 3D avec agents de contraste ou contrasted CT scans (par exemple de type PMA : avec trempage dans de l’acide phosphomolybdique) permet la distinction de tous les types de tissus mous du corps en utilisant l’analyse des différents niveaux de gris du scan 3D (cartilages, muscles, tendons, vaisseaux sanguins, nerfs et différents tissus des organes vitaux) [5]. Cela me permet ainsi de réaliser une dissection virtuelle en 3D de l’individu complet sans jamais endommager le spécimen d’origine. J'ai utilisé cette technique pour segmenter séparément les différents muscles de l'appareil mandibulaire et les muscles de la ceinture scapulaire d'oiseaux embryons et adultes.
Je suis également formée à la dissection non virtuelle musculaire fine sur des spécimens frais et congelés de grand carnivores et d’oiseaux. Ma participation aux dissections de grands carnivores a été valorisée dans la publication d’un collègue [3] et également dans un atlas publié par des membres de mon équipe de recherche.
Dans le cadre d’un de mes stages sur les tritons et salamandres, j’ai réalisé mes scans de têtes entières à la plateforme Skyscan de Montpellier. J’en ai extrait les crânes de mes spécimens puis la partie d’intérêt de mon étude par segmentation manuelle et modélisation : l’oreille interne. J’ai pu comparer les morphologies de différentes oreilles internes de plusieurs espèces et en déduire les principales influences écologiques (milieu de vie en deux dimensions sur terre et en trois dimensions dans l’eau) et phylogénétiques (processus de néoténie ou non ou encore relation de parenté) sur leurs morphologies.
Dans le cadre de ma thèse, j’ai réalisé majoritairement des scans surfaciques de squelettes appendiculaires de plusieurs espèces d’oiseaux, ce qui représente près de 1000 scans. J’en ai extrait chaque os séparément par segmentation manuelle et modélisation dans le but de réaliser des comparaisons de morphologies propres à chaque os. Afin de prendre en compte les différences fines entre les morphologies des os étudiés, j'ai appliqué les protocoles de morphométrie géométrique à mes échantillons d'os. Ces différences peuvent être d’ordre écologiques (type de vol, régime alimentaire, mode de chasse), de sexe (dimorphisme sexuel) ou de lien de parenté (influence de la phylogénie ou de la population d’origine).
[1] Fanny Pagès, Anthony Herrel, Dominique Adriaens, Barbara De Kegel, Maria Alexandra Garcia Amado, Anick Abourachid. The skeletal anatomy of the hoatzin (Opisthocomus hoazin): functional consequences of an extreme life-style? Soumis dans Journal of Anatomy.
[2] Fanny Pagès, Anne-Claire Fabre, Anick Abourachid. 2019. Does bone preparation impact its shape: consequences for comparative analyses of bone shape. PeerJ 7:e7932 https://doi.org/10.7717/peerj.7932
[3] Maxime Taverne, Anne-Claire Fabre, Marc Herbin, Anthony Herrel, Stéphane Peigné, Camille Lacroux, Aurélien Lowie, Fanny Pagès, Jean-Christophe Theil and Christine Böhmer. 2018. Convergence in the functional properties of forelimb muscles in carnivorans: adaptations to an arboreal lifestyle? Biol. J. Linn. Soc. 1–14.
[4] Anick Abourachid, Anthony Herrel, Thierry Decamps, Fanny Pagès, Anne-Claire Fabre, Luc Van Hoorebeke, Dominique Adriaens and Maria Alexandra Garcia Amado. 2019. The hoatzin nestling locomotion: a new quadrupedal coordination for the birds. Sci. Adv. 1–6.
[5] Emilie Descamps, Alicja Sochacka, Barbara De Kegel, Denis Van Loo, Luc Van Hoorebeke and Dominique Adriaens. 2014. Soft tissue discrimination with contrast agents using micro-CT scanning. Belg. J. Zool, 144(1): 20-40
|